制藥工程干凈室（區）以微粒和微生物為主要節制工具，同時還應節制醫藥干凈室（區）情況的溫度、濕度、壓差、照度、噪聲等參數，知足藥品出產的各各關鍵的工藝請求，從而到達情況氛圍中無異味和無有礙藥品品質和人體安康的氣體。

        在2010版GMP中劃定制藥工程的干凈品級共有A級、B級、C級、D級四個品級，每個品級都有差別的工藝參數請求。按照出產工藝請求的干凈辨別為4個級別：A級高危險操縱區，凡是用層流操縱臺（罩）來保持該區的氛圍情況狀況。層流體系在其任務地區必須平均送風，風速為0.36～0.54m/s（指點值），應有數據證實層流的狀況并須考證。在密閉的斷絕操縱器或手套箱內，可以使用單向流或較低的風速；B級指無菌配制和灌裝等高危險操縱A級區所處的背景地區；C級和D級指出產無菌藥品進程中主要水平較低的干凈操縱區。A、B、C級對靜態與靜態都有請求，D級只對靜態有請求。以夏日來講，在出產工藝對溫度和濕度無特別請求時，氛圍干凈度A(B)級、C級的醫藥干凈室（區）溫度應為20～24℃，絕對濕度應為45%～60 % ；氛圍干凈度D級的溫度為18～26℃，絕對濕度應為45%～65%。制藥工程有沒有菌藥品出產、非無菌藥品出產、質料藥品出產、中藥制劑等等。